Если при моделировании вы расставили инстансы через Geometry Nodes, применение (Apply) этого модификатора уничтожит все расставленные инстансы.
Дерево Geometry Nodes с расставленными инстансами до применения модификатора:
Если сейчас просто применить модификатор Geometry Nodes, все расставленные инстансы пропадут.
Для того, чтобы зафиксировать инстансы и превратить их в реальную геометрию, перед выходным нодом Group Output нужно поставить нод Realize Instances.
Теперь модификатор Geometry Nodes можно применять без потери инстансов.